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Die Deutsche Forschungsgemeinschaft, die Max-Planck-Gesellschaft sowie selbstständige Forschungseinrichtungen, andere Trägerorganisationen von Forschungseinrichtungen und Forschungsförderungsorganisationen sowie Einrichtungen mit Servicefunktion für die Forschung (Artikel 2 Abs. 1 Nr. 5 und 6) werden von allen Vertragschließenden gemeinsam finanziert. Der auf die Länder entfallende Finanzierungsanteil wird nach einem von ihnen festzulegenden Verteilungsschlüssel auf die einzelnen Länder umgelegt.
Großforschungseinrichtungen und die Fraunhofer-Gesellschaft werden vom Bund und den beteiligten Ländern finanziert. Der auf die einzelnen Länder entfallende Finanzierungsanteil wird in den Ausführungsvereinbarungen festgelegt.
Die Deutsche Akademie der Naturforscher LEOPOLDINA (Artikel 2 Abs. 1 Nr. 8) und das Wissenschaftskolleg zu Berlin (Artikel 2 Abs. 1 Nr. 9) werden vom Bund und dem jeweiligen Sitzland finanziert.
In anderen Fällen der gemeinsamen Förderung wird in den Ausführungsvereinbarungen geregelt, welche Länder sich beteiligen und wie der von ihnen aufzubringende Finanzierungsanteil umgelegt wird.